El gobierno regional de Junín está conformado por un Consejo Regional, el cual está integrado por 12 consejeros elegidos por votación popular, y el presidente regional, quien es elegido por voto directo en elecciones regionales.

Entre las funciones y competencias del gobierno regional de Junín, se encuentran:

• Elaboración, aprobación y ejecución del Plan Regional de Desarrollo Concertado de Junín.
• Promoción y fomento de la inversión privada en la región.
• Coordinación con los gobiernos locales para la ejecución de proyectos y programas.
• Coordinación con los diferentes sectores del gobierno nacional para la ejecución de programas y proyectos de interés regional.
• Administración de los recursos del gobierno regional, incluyendo la gestión de fondos y la asignación de presupuesto para proyectos y programas regionales.
• Promoción y fomento del turismo en la región.

El gobierno regional de Junín cuenta con diversas instituciones y programas que trabajan en diferentes áreas de desarrollo regional. Algunas de estas instituciones son la Gerencia Regional de Desarrollo Económico, la Gerencia Regional de Salud, la Gerencia Regional de Educación, la Gerencia Regional de Transportes y Comunicaciones, la Gerencia Regional de Agricultura, entre otras.