Los principales ríos que corren por Huancayo son:

Río Mantaro, San Francisco, Cunas, Pariahuanca, Shullcas, Florido, Aymaraes, San Fernando, entre otros.

RIO MANTARO

Nace en los nevados del nudo de Pasco, con el nombre de Ancasyacu, posteriormente penetra en el lago de Chinchaycocha o de los Reyes (Provincia de Junín) para luego salir hacia el sur con el nombre de río Acobamba o Jauja, tiene una longitud de 724 kilómetros aproximadamente; recorre los valles de Jauja y Mantaro hasta Izcuchaca (Huancavelica) donde toma el nombre de Mantaro, atraviesa los departamentos de Ayacucho y Huancavelica, se junta con el río Apurimac a la altura del puerto Carranza, para luego formar el río Ene. Su caudal aumenta con los desagües de las lagunas de Acucocha, Punrún, Huaroncocha y de los diversos afluentes que recibe en su recorrido.

El río Mantaro en su recorrido recibe los siguientes afluentes:

• Río Yauli en la Oroya.
• Río Huari, Pachacayo, Quishuarcancha y Ataura en Jauja.
• Río Grande en Huaripampa.
• Río Achamayo en Concepción.
• Río Huaychulo en San Jerónimo
• Río Quebrada Onda al norte de Huancayo
• Río Shullcas entre Huancayo y El Tambo.
• Río Florido en Huancayo
• Río Chilca en Chilca.
• Río Cunas en Chupaca.
• Los ríos de Alipishupyacun en Huamancaca.

Las aguas del río Mantaro no son de utilidad para la agricultura, ganadería y menos para el consumo humano por su alto grado de contaminación mineralizada por los relaves que provienen del centro Metalúrgico de La Oroya y por los desagües de aguas servidas que recibe de los ríos Florido, Shullcas y Chilca.

RIO SHULLCAS

Nace en los nevados de Huaritanga a 30 kilómetros al este de Huancayo corre de este a oeste y va a unirse al río Mantaro.

RIO FLORIDO

Toma sus aguas del río Shullcas, es hediondo, sucio, es un peligro para la población, las autoridades no toman cartas en el asunto en la solución de este foco infeccioso que recorre Huancayo para luego desembocar en el río Mantaro; por contraste recibe el nombre de Florido.

RIO CHILCA

Nace al sur este del cercado de Huancayo de unas vertientes situadas cerca de la laguna de Tiullacocha, se junta con el riachuelo que viene de Huinchos, caserío situado al este de la ciudad y corre por el sur hasta unirse con el Mantaro en la parte sur oeste. Ultimamente este río se ha convertido en un basural por completo.

AGUAS SUBTERRÁNEAS

Se encuentran acumuladas en el subsuelo sobre capas impermeables, dando origen a los diversos puquiales y manantiales que existen en Huancayo.

Ejemplo el puquial de Warivilca (Sur de Huancayo). Al respecto una leyenda que dice que de este manantial salió la primera pareja humana que se había mantenido ocultas por temor a los Amarus. Eran el taita y la mama, sus descendientes en gratitud y, para perpetuar su especie edificaron el templo de Warivilca junto al manantial sagrado.